En mai 1993, les trains régionaux qui circulaient entre Travers - Les Verrières et Pontarlier sont supprimés et remplacés par un service de bus de substitution entre Fleurier et Pontarlier.

A cette même date, les rames Trans Europ Express des CFF, repeintes en gris et baptisées "Souris grises ", reprennent du service sur la ligne du Franco-Suisse comme train " Eurocity " pour assurer deux aller et retour quotidiens entre Berne et Frasne en correspondance avec les TGV de et pour Paris.

Dès le 27 septembre 1997, la relation TGV Paris - Berne est prolongée quotidiennement jusqu'à Zürich. Elle remplace le mythique train " Arbalète " qui reliait Zürich à la gare de Paris-Est en passant par Bâle, Mulhouse et Chaumont.

Qui aurait pensé, 20 ans plus tôt, alors que le trafic international sur la ligne du Franco-Suisse déclinait depuis de nombreuses années, que la grande partie des suisses allemands transiteraient un jour par le Val-de-Travers pour se rendre à Paris ?

Le 24 mai 1998, deux paires de trains régionaux, un le matin et un en fin d'après-midi, circulent à nouveau entre Travers et les Verrières, sans aucun arrêt intermédiaire.

Le 28 novembre 1999, les rames " Souris grises ", ex. Trans Europ Express, sont définitivement retirées de la circulation après plus de 38 ans de bons et loyaux services, pour faire place à une deuxième relation TGV entre Paris et Zürich par le Val-de-Travers.